APTA - Agência Paulista de Tecnologia dos Agronegócios.
Missão
Gerar e Transferir Conhecimento Científico e Tecnológico para o Agronegócio Visando o Desenvolvimento Sócio-Econômico e o Equilíbrio do Meio ambiente.

Departamento de Gestão Estratégica
Missão
Subsidiar as políticas públicas e orientar as tomadas de decisão voltadas à pesquisa, desenvolvimento e inovação do agronegócio com enfoque multidisciplinar, visando promover as relações entre as unidades da Agência Paulista de Tecnologia dos Agronegócios (APTA) na geração e transferência de conhecimento e tecnologia.

Instituto Agronômico
Missão
Gerar e Transferir Ciência e Tecnologia para o Negócio Agrícola, visando à otimização dos sistemas de produção vegetal e ao desenvolvimento sócio-econômico com qualidade ambiental

Instituto de Zootecnia
Missão
Gerar e transferir conhecimentos científicos e tecnológicos para os agronegócios, objetivando maior produtividade e qualidade superior, tem por atribuições:
I - realizar a pesquisa para o desenvolvimento das cadeias de produção animal, buscando inovações tecnológicas visando promover a produtividade, qualidade e a diversidade da produção;
II - identificar e manter o patrimônio genético de espécies, raças e linhagens de animais de interesse sócio-econômico;
III - identificar e manter o patrimônio genético de espécies, variedades e cultivares vegetais de interesse sócio-econômico para a alimentação e saúde animal;
IV - contribuir com o desenvolvimento regional sustentável dos agronegócios.

Instituto Biológico

Missão
Gerar e transferir conhecimento científico e tecnológico para o agronegócio nas áreas de sanidade animal e vegetal, visando a melhoria da qualidade de vida da população e a preservação do meio ambiente.

Instituto de Economia Agrícola

Missão
Gerar, adaptar e transferir conhecimentos científicos e informações na área de economia aplicada aos agronegócios, visando ao desenvolvimento econômico.

Instituto de Tecnologia dos Alimentos

Missão
Pesquisa, Desenvolvimento e Assistência Tecnológica Industrial para o Setor de Alimentos, em Benefício da Sociedade.

Instituto de Pesca

Missão
a) desenvolver pesquisas básicas e aplicadas em pesca e aqüicultura, consolidando e disponibilizando conhecimentos sobre tecnologia, estoques pesqueiros e produção para atendimento a demandas do setor;
b) participar da discussão e definição de políticas para o setor pesqueiro e para a ciência e tecnologia.